Pada tahun 1987 diterbitkan Keputusan Presiden Nomor : 9 Tahun 1987 tentang status IAIN/Fakultas sebagai justifikasi yuridis yang menguatkan eksistensi Fakultas Tarbiyah IAIN Walisongo di Salatiga dengan Jurusan Pendidikan Agama Islam (PAI) dan pada tahun 1990 didirikan Jurusan Pendidikan Bahasa Arab (PBA) untuk memenuhi tuntutan animo yang berkeinginan untuk memperdalam bahasa Arab dan pengajarannya.

Hingga pada puncak pembenahan sarana prasarana, tenaga edukatif dan administrasi serta semakin meningkatnya animo masyarakat maka secara yuridis mulai tanggal 21 Maret 1997 dengan Keputusan Presiden RI Nomor : 11 Tahun 1997, Fakultas Tarbiyah beralih status menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Salatiga dengan Jurusan Tarbiyah dan Syariah, sedangkan Pendidikan Bahasa Arab beralih menjadi Program Studi Pendidikan Bahasa Arab di bawah Jurusan Tarbiyah.